Η ανάγκη για εμπιστευτικότητα στις ηλεκτρονικές συναλλαγές ικανοποιείται με την κρυπτογράφηση. Ο αποστολέας, χρησιμοποιώντας συγκεκριμένη μαθηματική συνάρτηση, μετατρέπει το αρχικό κείμενο σε μορφή μη κατανοητή για οποιονδήποτε τρίτο (κρυπτογραφημένο κείμενο). Ο παραλήπτης, έχοντας γνώση του τρόπου κρυπτογράφησης, αποκρυπτογραφεί το κείμενο στην αρχική του μορφή. Το μήνυμα παραμένει εμπιστευτικό, ωσότου αποκρυπτογραφηθεί.Οι διάφορες μέθοδοι κρυπτογράφησης βασίζονται στη χρήση ενός "κλειδιού", ενός µαθηματικού δηλαδή κώδικα - αλγόριθµου, ο οποίος διασφαλίζει το µη "αναγνώσιμο" από τρίτους, και χρησιµοποιείται στην κρυπτογράφηση και την αποκρυπτογράφηση. Κάθε αλγόριθµος παίρνει την ονοµασία του από τον αριθµό που µεταλλάσσεται και πρέπει να βρεθεί µε μια σειρά μαθηματικών πράξεων.
Αρχικά το κλειδί κρυπτογράφησης ήταν το ίδιο µε το κλειδί αποκρυπτογράφησης, δηλαδή αποστολέας και παραλήπτης χρησιμοποιούσαν το ίδιο συμμετρικό κρυπτογραφικό σύστηµα (symmetric cryptosystem). Το σύστηµα αυτό χρησιµοποιήθηκε κυρίως σε κλειστά συστήµατα και εφαρµόστηκε τη δεκαετία του '80 για τη μεταφορά τραπεζικών δεδοµένων. Αργότερα η εξέλιξη οδήγησε στη χρησιµοποίηση δύο κλειδιών, ενός ιδιωτικού και ενός δηµόσιου (ασύμμετρο κρυπτογραφικό σύστηµα - asymmetric or public key cryptosystem). Το ιδιωτικό κλειδί (private key) χρησιµοποιείται για το σφράγισµα του ηλεκτρονικού µηνύματος και είναι απόρρητο, ενώ το δηµόσιο κλειδί (public key) αντιστοιχεί στο πρώτο, χρησιµοποιείται για την αποσφράγιση του µηνύματος και δεν είναι απόρρητο. Συνεπώς, το πρώτο κλειδί το γνωρίζει µόνο ο αποστολέας και µόνο µε αυτό µπορεί κανείς να επέµβει στο κείµενο, ενώ το δεύτερο το γνωστοποιεί σε κάθε συναλλασσόµενό του για να µπορεί να αποκρυπτογραφεί/διαβάζει τα µηνύματα του πρώτου.
